پرکاربردترین دستگاههای کروماتوگرافی جهت خالص سازی پروتئین ها کروماتوگرافی مایع با عملکرد سریع (FPLC) است. روش FPLC ، جداسازی پروتئین را در زمان بسیار کوتاهتر نسبت به سایر روش ها امکان پذیر می سازد . و با توجه به این که در صنعت ، برای تخلیص پروتئین در مقیاس انبوه ، پارامتر زمان بسیار اهمیت دارد، اخیرا این روش به شکل خیلی گسترده مورد استفاده قرار می گیرد . از دیگر مزایای این روش ساده بودن کار با سیستم FPLC و در عین حال مقرون به صرفه بودن آن از لحاظ اقتصادی است. قابل ذکر است که این روش همه انواع کروماتوگرافی را در بر می گیرد و در هر دو مقیاس تجزیه ای و تهیه ای قابل استفاده است .
روش FPLC علاوه بر پروتئین ها برای تخلیص سایر بیوملکولها مانند لیپوپروتئین ها ، RNA و DNA نیز کاربرد دارد.سایر روش های خالص سازی مانند الکتروفورز دو بعدی ، انواع روش های کروماتوگرافی (مانند کروماتوگرافی تبادل یون ، کروماتوگرافی اندازه طردی ، کروماتوگرافی میل ترکیبی و کروماتوگرافی برهم کنش آبگریزی ) قدرت تفکیک زیادی دارند اما بسیار زمان بر هستند. برای رفع این مشکل ، از روش کروماتوگرافی مایع با عملکرد سریع Fast Performance Liquid Chromatography استفاده می نمایند . این روش در سال 1982 در سوئد ، توسط Pharmacia گسترش پیدا کرد و تجاری شد . به دلیل این که این روش بیشتر برای تخلیص پروتئین ها به کار می رود ، آن را Fast Protein Liquid Chromatography نیز می نامند.
